Aunque muy posterior a la iglesia de San Francisco, la capilla de la Virgen de Aranzazú formó parte del conjunto conventual franciscano, y es, con la iglesia mayor, lo único que sobrevive. La iglesia es sencilla en su exterior, su interior luce tres magníficos retablos barrocos, únicos que sobrevivieron en Guadalajara luego de que la mayoría de ellos fueron reemplazados por los neoclásicos que conocemos. La iglesia comenzó a construirse hacia 1750.
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