Es la mejor iglesia barroca de la Guadalajara virreinal. Su construcción inicia en 1752 bajo la guía de los Padres del Oratorio, o Filipenses. Su fachada está constituida por tres cuerpos exquisitamente labrados en cantera de dos colores. El hastial ondulado muestra esculturas de especial refinamiento. Pero sobre todo destaca su torre, considerada una de las mejores del país. Formada por dos cuerpos que juega uno sobre el otro, y coronando su cupulín una imagen de Nuestra Señora de Zapopan, patrona de Guadalajara, obra de cantería que pareciera de filigrana. Igual belleza exhiben sus expulsores de agua, gárgolas en forma de hipocampos. El interior es de planta de cruz latina y sigue el orden neoclásico.
El edificio anexo, reconstruido en el siglo XIX, fue originalmente la casa de retiros que atendían los Padres del Oratorio de San Felipe Neri; después fue Casa de Caridad; a principios del siglo XX los padres jesuitas fundaron ahí el Colegio San José, hasta su confiscación por el gobierno en 1914.
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