Al triunfar el partido liberal en todo el país, e imponerse las leyes de reforma, quedaban suprimidas las procesiones públicas. No obstante, la imagen de la virgen seguía visitando los templos de la ciudad, pero ahora en coche cerrado, prohibiéndole a los fieles cualquier signo de culto externo. Pero como quiera que toda la comunidad acompañaba el carruaje en que viajaba la imagen de un templo a otro, paulatinamente fueron de nuevo aflorando los signos externos, hasta que las procesiones públicas se reanudaron aún con mayor esplendor, siendo las únicas que sobrevivieron en la diócesis luego de que no pocas vicisitudes.
En estas circunstancias la devoción de Ntra. Señora de Zapopan atraviesa el porfiriato. Con el estallido de la revolución, la Iglesia debe enfrentar una nueva persecución que va de 1915 a 1940. En este largo periodo de tiempo, la gravedad de conflicto es fluctuante, pero tuvo especial virulencia entre 1926 y 1929, en que los cultos fueron suspendidos en todo el país, suscitándose la llamada guerra cristera. En este ambiente de persecución y hostilidad hacia la iglesia, el arzobispo de Guadalajara, D. Francisco Orozco y Jiménez, decidió coronar con autoridad pontificia la imagen de la virgen. Las solemnes fiestas que rodearon este acontecimiento, se desarrollaron en el mes de Enero de 1921, siendo el día 18, el día señalado para la coronación. Esta tuvo lugar en la catedral de Guadalajara, siendo su arzobispo, y el arzobispo de Puebla, quienes pusieron la corona pontificia sobre la pequeña imagen que hacía ya casi cuatro siglos, trajera el benemérito misionero Antonio de Segovia, a estas tierras. Las crónicas de la época refieren que la multitud de fieles cubría todo el centro de la ciudad, y asistía arrodillada al solemne acto; entonces la virgen recibió un nuevo título: “Reina de Jalisco”. Sin duda este notable acontecimiento contribuyó poderosamente a fortalecer la fe de la comunidad frente a las difíciles circunstancias por las que atravesaba la Iglesia. De hecho, varios de los sacerdotes que posteriormente sufrieron el martirio, y hoy han sido beatificados, fueron testigos, partícipes y colaboradores en esta ceremonia.