A lo largo del siglo XVII, y según costumbre de la época, la imagen de la Virgen es llevada por todos los rumbos del extenso obispado, para demandar limosnas, necesarias para construir el primer y segundo santuario, por lo cual, la vocación de peregrinar, tan típica de esta imagen, se reanuda, aunque de manera intermitente. En 1695, la imagen es llevada a la ciudad de Guadalajara, azotada por epidemias e inundaciones; el alivio experimentado por la población incrementa el fervor de la comunidad hacia Ntra. Sra. de Zapopan, dando notable incremento a su santuario. Por el año de 1734, nuevamente Guadalajara sufre el embate de las tempestades con su secuela de inundaciones y epidemias, por lo cual, de nuevo las autoridades civiles y la misma comunidad, suplican al obispo sea traída la imagen de la virgen de Zapopan; el obispo accede, y la imagen es llevada a todos los barrios y capillas de aquella antigua Guadalajara; posteriormente, los notarios darán testimonio de la mejoría que toda la ciudad obtuvo de esta visita; por lo mismo, los cabildos eclesiástico y civil, la Audiencia y la gobernación del reino, encabezados por el obispo, declaran patrona y protectora de la ciudad episcopal, a Ntra. Sra. de Zapopan; el pueblo de Dios le dará entonces un nuevo título: “Patrona contra rayos, tempestades y epidemias”.
La jura de este patronato, conlleva la obligación de traer la imagen cada año, durante el tiempo de lluvias, para que por turno fuese visitando todas las iglesias de la ciudad. Con ello se iniciaba la tradición religiosa culturalmente más rica del obispado de Guadalajara, y la única que hasta el presente se mantiene, pese a las prohibiciones legales, y a las persecuciones religiosas que ha sufrido el país. el paso de la imagen de la virgen, tanto entonces como ahora, hará florecer la piedad de la comunidad, dando cauce a una notable creatividad que transforma las calles y modifica la apariencia y estilo cotidiano de las comunidades, para desembocar finalmente en la famosa romería de Zapopan, fiesta que desde 1735 se tenía el día 4 de octubre, y que a partir de 1951 se celebra el día doce. La romería del presente año, 1998, congregó más de dos millones de fieles, venidos de distintos rumbos del Estado y del país.