Fue la iglesia de la Compañía de Jesús, dedicada a Santo Tomás. La portada es neoclásica, muy posterior al templo. Primeramente le fueron mutiladas sus capillas, restando sólo una, y luego todo el edificio fue confiscado por el gobierno liberal. Es notable su gran cúpula y la fuerza arquitectónica de su nave. Hoy se ubica ahí la Biblioteca Iberoamericana. En su anexo sur, hoy desaparecido, estuvo la primera Universidad de Guadalajara, llamada Real y Literaria, fundada en 1722 gracias al empeño de los tapatíos y en particular al apoyo financiero del obispo Antonio Alcalde.